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離心分離的效果除了與高速冷凍離心機種類、離心方法、離心介質及密度梯度等因素有關以外，實際操作時，主離心機轉速和離心時間的確定、離心介質的PH值和溫度等條件也至關重要。

(一)離心機的轉速
離心加速度的大小取決于轉子的轉速和顆粒的旋轉半徑。在說明離心條件時，往往也用相對離心力場來表示。實際工作中，離心力場（圖示2）的數據是指其平均值。即是指在離心溶液中點處顆粒所受的離心力場。

(二)離心時間
離心時間依據離心方法的不同而有所差別。對于差速離心來說，是指某種顆粒完全沉降到離心管底的時間；對等密度梯度離心而言，高速冷凍離心機離心時間是指顆粒完全到達等密度點的平衡時間；醫(yī)用離心機的歷史與發(fā)展而密度梯度離心所需的時間則是指形成界限分明的區(qū)帶的時間。對于密度梯度離心和等密度梯度離心所需的區(qū)帶形成時間或平衡時間，影響因素很復雜，可通過試驗后確定。
顆粒的沉降時間又稱澄清時間，是指顆粒從離心樣品液液面完全沉降到離心管底所需的時間。沉降時間決定于顆粒沉降速度和沉降距離。

(三)溫度和PH值
為了防止分離物質的凝集、變性和失活，高速冷凍離心機除了在離心介質的選擇方面加以注意外，還必須控制好溫度及介質溶液的PH值等離心條件。離心溫度一般控制在4度左右，對于某些熱穩(wěn)定性較好的酶等，離心也可在室溫下進行。但在超速或高速離心時，轉子高速旋轉會發(fā)熱從而引起溫度升高。故必須采用冷凍系統(tǒng)，使溫度保持在一定范圍內。
離心介質溶液的PH值應該是處于酶穩(wěn)定的PH范圍內，必要時可采用緩沖液。另外，過酸或過堿還可能引起轉子和離心機的其他部件的腐蝕，應盡量避免。